При установленном в Настройках NMT > Общие > Язык = Русский, кодировка символов для наименований файлов используется по-умолчанию как UTF-8. Для корректного отображения имен файлов и папок по-русски, установите сразу же, до попыток записи, в драйвере/программе для доступа к томам Ext2/Ext3 кодировку имен на UTF-8.

Ext2 Volume Manager

Если вы уже залили на диск NMT файлы с кодировкой CP-866(DOS) или CP-1251(Win), то самый простой способ избежать коверканья имен на PC и NMT, это слить файлы на PC и вернуть их обратно, выбрав правильную кодировку.