При установленном в Настройках NMT > Общие > Язык = Русский, кодировка символов для наименований файлов используется по-умолчанию как UTF-8. Для корректного отображения имен файлов и папок по-русски, в настройке FTP-клиентов выбирайте кодировку для данного FTP-соединения как UTF-8.

Новое FTP-соединение в FAR-Manager

Выбор кодировки Far2.0

Кодировка в FTP Total Commander